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        myBaits Expert 16S-Hyb panel

        更新時間:2022-09-15

        訪問量:63

        廠商性質:生產廠家

        生產地址:

        簡要描述:
        myBaits Expert 16S-Hyb Panel 運用雜交捕獲技術,可以富集整個 16S 基因,而不僅僅是一兩個高變區(hypervariable regions)。與 16S 擴增子測序相比,具有更好的分類分辨率和更少的偏差。此試劑盒結合宏基因組方法,還可以有效鑒別全新表型的稀有微生物,并降低單個樣本的測序深度。
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        myBaits Expert 16S-Hyb panel

        鑒別樣本中微生物種類并定義微生物群落內關系,在人類健康、環境調查、動物保護和農業改良等方面均有重要的應用。  16S rRNA 測序,經常用于鑒定和分析樣本的微生物群落組成。

        myBaits Expert 16S-Hyb Panel 運用雜交捕獲技術,可以富集整個 16S 基因,而不僅僅是一兩個高變區(hypervariable  regions)。與 16S 擴增子測序相比,具有更好的分類分辨率和更少的偏差。此試劑盒結合宏基因組方法,還可以有效鑒 別全新表型的稀有微生物,并降低單個樣本的測序深度。將 16S-Hyb rRNA 基因富集測序與低覆蓋度shotgun法測序相結合, 可以更高效地鑒別宏基因組樣本中的微生物種群,比單獨的shotgun法測序成本低,并且比 16S 擴增子測序更準確。

        myBaits Expert 16S-Hyb Panel 為完整試劑盒,包含各種 blockers 、雜交探針和驗證過的操作流程。此外,我們也提供 全流程的技術服務。


        產品特點

        快捷 – 可直接使用shotgun法的 NGS 文庫進行捕獲測序

        低成本 – 可用較少的測序量鑒別宏基因組樣本中的稀有類群

        低偏差 – 有效避免 16S 擴增子測序引入的擴增偏差

        高分辨率 – 檢測全部保守和高變區域

        開放平臺 – 與各種 NGS 文庫平臺兼容,包括長讀長測序

        組分齊全 – 試劑盒包括 NGS 文庫捕獲所需的所有試劑


        產品應用

        • 宏基因組學

        • 環境采樣

        • 古 DNA

        • 微生物組分析

        • 長讀長測序

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        與擴增子測序法相比,16S-Hyb 準確性更高

        在人造模擬群落、?鼠糞便和?鼠結腸的樣本中,比較 myBaits 16S 捕獲測序、16S 擴增?測序和?槍法宏 基因組測序法。未經富集的宏基因組測序(shotgun)收集到的數據,16S 約占總數據量的 0.1-0.2%;與之相 比,myBaits 16S-Hyb 捕獲測序中,60-70% reads 可以比對到 16S 區域,在模擬群落樣本中富集了 350  倍,?鼠糞便和?鼠結腸樣本中富集了 450 倍。myBaits 16S-Hyb 捕獲測序與擴增子測序法相比,無論用  MiSeq 或 HiSeq 測序,樣本富集圖譜更接近于模擬群落組成和shotgun法圖譜。

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        圖1 模擬樣本類群分析

        樣本“BEI Resources 模擬群落"包含已知含量的細菌群(第5列),分別使?16S擴增?測序- MiSeq PE 300(第1列)、myBaits 16S-HybMiSeq PE 300(第2列)、myBaits 16S-Hyb-HiSeq PE 150(第3列)和?槍法宏基因組測序-HiSeq PE 150(第4列)。 雜交捕獲和shotgun測序的 reads 過濾后,使? bbmap 比對到GreenGenes 數據庫分析。擴增子測序的 reads 用 Dada2 pipeline 處理后比對到GreenGenes 數據庫。

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        圖2. 16S 擴增子測序 vs 16S Hyb vs shotgun

        從?鼠糞便和?鼠結腸中提取的DNA樣本,分別使用 16S 擴增?測序-  MiSeq PE 300(第1,5 列),myBaits 16S-Hyb- MiSeq PE 300(第 2,6列),myBaits 16S-Hyb-HiSeq PE 150(第3,7列)和?槍法宏基 因組測序-HiSeq PE 150(第 4,8 列)進行分析。 雜交捕獲和shotgun法測序的 reads 過濾后,使? bbmap 比對到 GreenGenes  數據庫分析。擴增子測序的 reads 用 Dada2 pipeline 處理后比對到  GreenGenes 數據庫。


        產品列表

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