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        DAP-seq技術實驗流程和原理和適用物種(對象)范圍

        發布時間:2022-09-06   點擊次數:93次

        DAP-seq

        在基因組水平上,鑒定轉錄因子的結合位點(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是進行體內檢測TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依賴于抗體質量,這對低表達的蛋白質具有很大的挑戰性。所以,ChIP-seq通常在規模上受到限制,難以進行高通量擴展。因此,只有少數轉錄因子可以獲得結合位點信息,大量TFBS的覆蓋范圍僅適用于人類和一些模式生物。


        DAP-seq具有與ChIP-seq同樣的功能。通過體外蛋白表達技術,表達出帶有標簽的轉錄因子,和基因組DNA文庫在體外進行結合,然后分離出所有與轉錄因子結合的DNA,再使用高通量測序,找到轉錄因子的結合位點。


        DAP-seq是ChIP-seq的重要補充方法,可以應用于模式和非模式物種,一般來說,有參考基因組的物種都可以進行DAP-seq,如果沒有參考基因組,數據下機之后是無法進行數據分析的,但是可以考慮使用近緣物種的參考基因組進行分析。


        藍景科信河北生物科技有限公司 客戶發表文章:

        2022年8月,廣西大學農學院甘蔗生物學重點實驗室/亞熱帶農業生物資源保護與利用國家重點實驗室張木清/姚偉研究團隊在Journal of Experimental Botany(IF=7.298)在線發表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文,該研究發現了一個甘蔗新的AP2家族轉錄因子ScAIL1,通過靶向DELLA調節JA與GA合成,平衡植物生長與防御。


        2022年8月,安徽農業大學、中國水稻研究所和上海市農業科學院作物育種栽培研究所在The Plant Journal(IF=5.726)期刊聯合發表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章,揭示了OsSGT1和ABI5相互作用,調控OsAPX1的表達,促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發的分子機制。


        2022年8月,揚州大學生物科學與技術學院、植物功能基因組學教育部重點實驗室高勇課題組在The Plant Cell(IF=12.085)上在線發表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文,揭示了光敏色素互作因子(phytochrome interacting factors, PIFs)通過協調紅光和脫落酸(ABA)信號調節氣孔開度的分子機制。


        2022年7月,北京市農林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室、齊魯師范大學玉米分子育種研究院的共同研究成果,在Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發表,題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究內容是鑒定了玉米花青素合成相關等位基因ZmR1CQ01,并揭示了3個ZmR1等位基因的生物學功能和分子調控機制。


        2022年5月,中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology(IF=8.005)期刊上發表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調控水稻適應鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機制。其中,該研究使用了DNA親和純化測序技術(DAP-seq,DNA Affinity Purification Sequencing),鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1(Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1)調控的下游靶基因。


        2020年4月,北京工商大學與藍景科信合作,Biochemical and Biophysical Research Communications(IF=3.322)發表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章,為揭示PIFs轉錄因子調控ABA信號轉導機制提供了重要線索。


        2019年9月,北京林業大學和藍景科信合作,在植物學主流學術期刊Journal of Experimental Botany上(IF=5.36),發表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測序(DNA Affinity Purification Sequencing,DAP-seq)技術,深入揭示了胡楊耐鹽的分子機制。

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